Fueron hallados en 2001, en una fosa común conocida como «Pozo de Vargas», en Tucumán. Se confirmó su identidad mediante estudios de ADN. La noticia fue confirmada por su hijo. Había sido secuestrado en la madrugada del 24 de marzo de 1976.
Los restos de Guillermo Vargas Aignasse, el senador provincial justicialista desaparecido durante la última dictadura militar, fueron encontrados en una fosa común conocida como «Pozo de Vargas», e identificados mediante estudios de ADN.
La noticia fue confirmada por el hijo de la víctima, el legislador tucumano Gerónimo Vargas Aignasse, quien recibió la notificación oficial por parte del Juzgado Federal Nº 2, a cargo de Fernando Poviña. De acuerdo al texto, elaborado por el Equipo Argentino de Antropología Forense, el análisis genético del segundo metatarsiano de un pie derecho completo de su padre coincidió en un 99,9% con el perfil de ADN de la sangre extraída a sus hermanos Guillermo y Mariana.
«Es una noticia contradictoria. Por un lado siento la satisfacción de haberlo encontrado, porque lo buscamos desde hace 40 años. Pero por otro lado, mi padre fue arrojado de un pozo a 40 metros de profundidad. Según los testimonios de los vecinos, no sólo se arrojaban cadáveres al pozo, con lo cual existe la posibilidad de que mi padre haya sufrido tremendamente hasta su muerte», dijo Gerónimo Vargas Aignasse al diario La Nación.
El dirigente peronista había desaparecido en la madrugada del 24 de marzo de 1976, cuando el recientemente fallecido Antonio Domingo Bussi juró como interventor militar en Tucumán, y sus restos fueron encontrados en 2001. «Se termina un ciclo. Se recupera a un desaparecido, que es la condición más aberrante en la que puede persistir un ser humano», completó su hijo.