La isla de Guanaja se encuentra a lo largo del margen suroeste del Golfo de México, aproximadamente a 60 kilómetros al norte de la parte continental de Honduras. Está situada cerca del borde occidental de la Cordillera de Caimán, una característica topográfica compuesta de tipos de rocas que indican antiguas islas volcánicas, capas sedimentarias y corteza oceánica. La cresta se formó como resultado de interacciones tectónicas entre las placas de América del Norte, América del Sur y el Caribe.
